流产的原因较复杂。自然流产的胚胎和胎儿55%伴有形态上的异常，1/3有染色体的异常，大多数是由于母体环境因素和胚胎内敏感的遗传物质之间相互影响的结果。还有很多病例发生流产的病因不明。
一、染色体因素。染色体异常通过对自然流产胚胎的检验，发现22～60%有染色体异常，多发生在早期妊娠，以及产母年龄过小或过大者。90%的染色体异常流产有三种类型，即三体型，45，X异常及多倍体,。可能与其双亲的染色体异常有关，亦可能双方染色体都正常，而在其配子形成时的减数分裂过程中，或胚胎发育早期的有丝分裂过程中，染色体的组合发生差错，导致数目异常或结构异常。流产时妊娠产物有时仅为一空孕囊或已退化的胚胎。
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二、母体因素。
(1)母体患有严重中毒性感染疾病，如肺炎或伤寒。高热和细菌毒素对胚胎有致命的影响。
(2)病毒感染母体感染风疹、生殖道疱疹、巨细胞病毒等疾病，病毒可通过胎盘传染胚胎及胎儿。
(2)病毒感染母体感染风疹、生殖道疱疹、巨细胞病毒等疾病，病毒可通过胎盘传染胚胎及胎儿。
(3)孕妇服用某些细胞毒素药物，能使胎儿发生异常。服用避孕药6个月内妊娠时，胚胎组织结构紊乱明显增加，出现形态异常。
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(4)母体内分泌功能失调黄体功能不足，甲状腺功能低下者往往影响蜕膜、胎盘，或胚胎发育不良而流产。
(5)生殖器官疾病孕妇因先天性子宫异常(如纵膈子宫及子宫发育不良)，复发性子宫肌瘤，影响胎儿的生长发育导致流产。宫颈内口松弛或损伤，妊娠时胎膜破裂发生晚期流产。
(6)创伤妊娠期外伤或施行卵巢肿瘤和阑尾手术等，特别是在妊娠早期，可刺激子宫收缩引起流产。
三、胎盘内分泌因素。胎盘内分泌功能不足，妊娠8周后，胎盘逐渐成为产生孕激素，bHGG，HPL及雌激素的主要场所。早孕时，当卵巢妊娠黄体的功能逐渐为胎盘所代替而胎盘内分泌功能不足，上述激素值下降，妊娠将难以继续。
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四、免疫因素。妊娠犹如同种移植，母儿免疫系统相互影响，若互不适应，则可引起排斥而致流产。母体有抗精抗体则多为早期流产。如母子Rh血型不合，ABO血型不合，可引起死胎，多为晚期流产。
五、外界不良因素。某些有害的化学物质(如铅、有机汞、镉、DDT、酒精及烟草等)和物理因素(如噪音、放射线、高温等)，可以直接或间接对胚胎或胎儿造成损害而流产。
温馨提示：l流产的病因是引起以为妊娠的主要问题，要想从上治疗好异常妊娠，就必须得先把病因给清除。那样才能比较容易的恢复身体的健康。
